Introdução: O processo de enfermagem (PE) é mediado de forma operacional através da Sistematização da Assistência de Enfermagem (SAE). Deve estar baseado na realidade da estrutura organizacional no que se refere à missão e visão, no quantitativo de enfermeiros, nas características das unidades assistenciais e na dinâmica operacional de atendimento de enfermagem. Objetivos: Descrever as dificuldades vivenciadas no processo de implantação da SAE em uma unidade de internação (UI) em transplante de órgãos e tecidos. Relatar as ações assistenciais e administrativas no processo de implantação. Materiais e métodos: Para implantação realizou-se: Sensibilização da equipe de enfermagem sobre a necessidade de qualificação do atendimento através do PE; organização de atividades de educação continuada sobre a SAE, através da equipe de educação responsável pelas capacitações na instituição; treinamento da equipe de enfermeiros para a efetiva realização das etapas do PE, através de um software de gestão em saúde. Resultados: A atuação do enfermeiro em uma UI para transplantes requer uma visão integral em virtude da complexidade assistencial e das características de cada tipo de transplante. As dificuldades na implementação estão relacionadas ao número de enfermeiros, organização das atividades administrativas e assistenciais, grande fluxo de internações na unidade e necessidade de um tempo reservado para realização de etapas no sistema informatizado. Conclusão: A prestação do atendimento de enfermagem deve ser subsidiada pela SAE, de forma que se possa perceber o trabalho do enfermeiro e de sua equipe em prol de um atendimento único conforme as necessidades dos pacientes e de seus familiares.