Introducción: El porciento de doctores en ciencia es uno de los indicadores considerados para determinar la excelencia de una universidad. El crecimiento de doctores en la Facultad “Comandante Manuel Fajardo” no resulta proporcional a su potencial científico. Objetivo: Diseñar un programa de formación doctoral en Ciencias Biomédicas y expresar los primeros resultados de su implementación. Métodos: Investigación de desarrollo, prospectiva, se utilizan indagaciones teóricas y empíricas. Se empleó la lluvia de ideas y el grupo de discusión con doctores en ciencias de la facultad. Se toman los criterios de matriculados, mediante entrevistas semiestructuradas. Resultados: Se describe la ruta académica y etapas del programa. Se diseña un proceso formativo, de enseñanza-aprendizaje, institucional, tutelar y grupal, sin alejarse el profesional de su desempeño cotidiano. En su implementación hay estabilidad de médicos especialistas de II grado y con dos especialidades, de profesores auxiliares, investigadores agregados y auxiliares, y los que han cursado dos maestrías. Entre las líneas de investigación se destacan el desarrollo de recursos humanos, la atención integral a la mujer y el niño, y la salud mental y adicciones. Los profesionales ponderan en alto grado la preparación teórica-metodológica; el diseño y puesta en práctica de su proyecto investigativo; y el clima de las discusiones grupales. Conclusiones: Se diseñó un programa de formación doctoral en Ciencias Biomédicas, que contribuirá al incremento de los profesionales con grados científicos en la facultad. Con su implementación todos los profesionales matriculados que alcanzaron la V etapa tienen un proyecto de investigación concluido.